在大明各地水利建设如火如荼进行的同时，遵照朱由检的指示，各府州县城市治理也在全面展开。
朱由检对后世每逢雨季时，很多城市就会出现不同程度内涝的情景印象深刻，对于因连续强降雨而导致城市居民人身和财产受到巨大损失也是痛心不已，现在这个世界既然自己手中握有掌控天下的权利，那就应该对此作出力所能及的改变。
虽然他对如何防止城市内涝一窍不通，但这并不妨碍他能拿出相应的对策来。
于是，在崇祯二十年时，内阁根据他的授意行文天下，要求各地官府上报所在地有效防范内涝的规划和措施，朝廷会优中选优，根据各方上报的方案进行汇总，并形成最终的解决办法。
在内阁行文发出后的半年内，各地官府陆陆续续五花八门的方案和措施报到京师，孙传庭等内阁成员召集工部堂官及有司专业人士，在经过悉心筛选和商讨后，挑出数套方案后入宫呈送至御前，供朱由检御览定夺。
君臣在昭仁殿专门就此事进行了会商。
内阁形成的文案中，首先将发生内涝的原因一一列举了出来，其原因大致为以下几点。
第一，经常发生内涝的城市都是建在低洼地以及滞洪区，因为地势太低的缘故，每逢当地暴雨不断，洪水向地处流动，所以城市很容易便会被淹。
而与之相反的是，地势比较高的地区不容易形成积水。
例如苏州、无锡等老城虽然是水乡城市，但是因为老城都选择地势比较高的地区，所以不怎么容易形成积水。
其次，排水系统不完善，排水石槽、干沟、排水洞修建的太少，或者因缺少专业定期维护的原因而导致其发生堵塞淤积，导致积水无法迅速排出。
再次，城市中植被稀疏、水塘较少或根本没有，无法储存大量雨水，从而因“汇水”的现象形成大面积积水。
内阁在汇总各地官府上报本地相关措施时，对广州府和赣州府上禀的情况产生了浓厚地兴趣，孙传庭特意将两地官府的奏报呈送给朱由检，并表示，内阁已对上述两城的规划进行了充分研究，准备在制订城市防范内涝总体方案里予以借鉴。
据广州府和赣州府上禀的情况来看，从地方志上来看，数百年来，两城从未发生过规模较大的内涝，这一切都得益于前宋修建的相关设施。
例如广州，为了有效防范城市内涝，数代主官都在这上面费尽苦心，在历时十几年后，终于将相关设施修缮完毕，从此，广州城基本告别了内涝给千家万户带来的不便和损失。
这些排水设施及配套工程主要是两个方面组成。
一是兴建了东西两城，二是开挖了六条排水、防洪，兼可防火、通航的大水渠，即“六脉渠”。
尤其是六脉渠与护城河的巧妙连接，从根本上解除了绝大部分形成内涝的隐患。
每到雨季，城内雨水、污水由街道小沟流入六条干渠，然后排出河涌，城外的则排出护城濠，再流入珠江，从而使城内再无水患之忧。
而地处雨量充沛之地的赣州，更是因一条“福寿沟”而彻底告别了城内水患问题。
福寿沟综合集成了城市污水排放、雨水疏导、河湖调剂、池沼串联、空气湿度调节等功能，甚至形成了池塘养鱼、淤泥作为有机肥料用来种菜的生态环保循环链，整个排水网络“纵横纡折，或伏或见”。
当初主持兴建“福寿沟”的北宋赣州知府刘彝早已作古，但赣州人为纪念这位贤臣而为其修建的庙宇犹在，这座至今香火旺盛的小庙里，刘彝捻须微笑的塑像已经矗立了数百年。
内阁给出的治理方案中，除了要求对城内外排水沟渠要与护城河之间互联互通、城内铺设的地砖要具有防水性、砖石之间要有适当缝隙利于雨水渗透之外，还对城中池塘、洼地数量做出了规定，而且洼地遍植青草芦苇等绿植的要求也让朱由检赞叹不已。
这不就是后世各地普遍都存在的湿地公园的雏形吗？
古人的智慧和前瞻性真是让他大开眼界，也让他感到佩服无比。
本来以他的意思，是想着仿照巴黎、伦敦、慕尼黑等欧洲城市解决内涝的措施和方法，来对大明城市进行改造的，但由于技术条件的限制，这种改造目前来看暂时行不通。
而内阁拿出的方案是最符合当下实际情况的，在可以预见的将来，在第二次工业革命到来之前，这个充分考虑了以大自然自身功能来有效化解水患的方案无异是最佳，也是最为环保的。
水道是城市的良心，城市排水系统建设事关千万民众，所以切不可目光短浅，孙传庭等人懂得借鉴古人，并根据现状予以补充完善，这才是重臣应该具备的优良品质，也体现出内阁诸人的施政能力还是非常过硬的。
在对一些细节提出了自己的意见后，朱由检批准了这份大明治理城市内涝的总体方案，内阁将会把这个方案下发各地官府，然后再由当地官府根据各支实际情况，在详细考察后拿出预算和施工时间，上报京师后再由内阁、户部、工部审验，之后再将银钱划拨各地。
这项庞大的城市改造计划已在崇祯二十年下半年开始实施，最先开工的是南方诸多城市，由于北方大部分地区还处在半干旱时期，所以江北城市改造工程将会稍后展开。
这项工程总体完工时间大约需要十年左右，据户部做出的预算方案来看，需要花费一千五百万左右的银币，动用雇工人数暂时无法统计，但应该不低于数十万人。
十年，一千五百万银币，每年支出一百五十万，这点银钱与工程完工后产生的各种效益来比算不得什么，民生工程不能只看当时的投入，但凡是有一定眼光的朝官们都会看到其战略价值。
水利、内涝这两大工程陆续开建的同时，官道拓宽硬化的工作也一直没有停止。