胡林翼在曾国藩的带动之下也开始兴办新军。只是他只是一个湖北巡抚，能力有限，只组织起了一支两万人的新军，曾国藩南下之后，胡林翼率领新旧鄂军共五万余人连同包围九江许久的原河南捻军降将张宗禹重兵将九江也团团围住，日夜攻打。
韦昌辉虽有野心，却是志大才疏之人。一听清军重军而来，连忙收缩兵力困守九江，原本想与扼守扬州的陈玉诚与李秀成联系，共退清军，但是屡次派出人马突围而去，都以失败告终。
张宗禹自捻失败之后，被咸丰看重丢进讲武堂一年有余，如今已是一师之长。手上掌着两万余新军。见识了新军的强大之后，张宗禹再无与朝廷作对的心思了。只一心想着快点结束战争，还老百姓一个太平天下，好让皇上的新政得以更好和实行，也算为自己当初的一时冲动赎回一点罪孽。
张宗禹破城心急，胡林翼比他更急，鄂军与天军可谓是苦大仇深，天军在湖北可是纵横无敌，几进几出，打得鄂军早没了骨气了。如今经曾国藩与胡林翼翻整顿有了点样子，就想着找天军报仇。如今这样好的形势岂能错过，两下里一拍既合，日夜攻打。
鄂军打累了武卫军上，鄂军退下来休息，武卫军打累了，鄂军接着上，反正就是不让韦昌辉休息。反正冲峰陷阵的人大有人在，新军只要在后面打炮开枪，战事胶着之时也用不上他们，怕误伤了自己人，等人退下来的时候，再打上几炮开上几枪。
韦昌辉被两支清军弄得哭丧不已，九江被围了。城就快断粮了，南京城里有粮，可他九江没粮啊。虽然他没陈玉诚与李秀成那么好心，还要想着城里的百姓，可是十几万人吃，就是座粮山也快吃没了。
他也想过要逃走，可是往哪逃啊。不说逃不逃得出去，逃出去了上哪？再回南京？南就还不一样被围了个水泄不通！回广西老家？先过了石达开那一关再说吧。他本来就跟石达开不和，再又是参与了天京事变的人，虽说他明面上与杨秀清划清了界线，可谁信啊。也就他手下的十万部下相信。
也学陈玉诚与李秀成一样干脆投降？他倒是想过，可是他没把握手下们都会跟着自己投降啊。要是打部下惹急了，一刀把自己捅了，还投什么降？韦昌辉在底砥里上一路下一路来回地踱着，军情情报是一趟又一趟送来。他也没心思看了，还不就是那点破事，他们来问自己，自己去问谁去。第一次他感到当一个上位者是多么的难了。
陈玉诚与李秀成投降五天之后，九江守不住了。城门被新军大炮轰开了几次，要不是天军拼死用装着沙土的麻袋及时堵上，九江早就被攻克了。扬州城破，清军像是吃了兴奋济一样，悍不畏死，一波又一波，一波下去，第二波紧接就冲了上来。时不时的还有几发新军的炮弹降临城头。
好此五天，任是铁打的人也受不了了。渐渐的清军开始占据了城头一席之地，并渐渐扩大。城墙上，刀来枪往，一片热火朝天的喊杀之声不绝于耳。当四门都被清军攻破了之后，意志消沉的天军开始出现放下武器投降的。
有了第一个就有第二个，一传十，十传百。一片片的天军放下了武器，看着高喊着的清军从身边冲过去。韦昌辉手下心腹大将林绍章第一个率领部下投降。在他看来，天军完了，困守孤城，又无粮草，还能打什么与其活活被困死，不如投降做个饱死鬼来得值。
随着大批天军的投降，清军一路势如破竹，很快便将韦昌辉的府砥包围。事到哪今韦昌辉再蠢也知道事不可为了。也再无投降的可能了，再杀死了自己几十个心爱的宠妾之后，韦昌辉悍然挥刀自尽，结束了其在太平天国摇摆了六年的一生。
九江一战而破，清军满城欢呼，安定民心，分发粮食救济饿了多日的城内百姓。按受投降的天军。韦昌辉被胡林翼割下人头，将其用石灰腌了，快马送到京城报捷。张宗禹与胡林翼匆匆打扫了战场，胡林翼留下三千人马安定九江的秩序，便接受张宗禹的建议，率军急赴南京与聂士成汇合。
九江一破，整个太平天国除回到广西恢复打游击的石达开之外，只余下了南京这最后一座堡垒。所有人都知道纷闹了六年之久的太平天国之乱，将要毕其功与一役了。四方皆动。闵浙英桂率五万刚刚组建起来的新军与李鸿章的苏军，刘铭传的淮军汇集与南京城外。
南京城外一时大军齐集，营帐连天，战旗飘飘。杨秀清得知韦昌辉死了，陈玉诚与李秀成降了。放眼天下就只余他杨秀清一支太平军还在死守着一座孤城，顿时心慌起来，着心腹时时巡防于城头，防止有心怀不轨的将领与城外清军私通。一面收集城中粮草物资屯积备战。
一时之间南京这座江南繁华无比的大都市人心惶惶，百姓哭声日夜不息。杨秀清将城中粮食都抢了来，又不许百姓出城逃走，日夜都派兵将巡防城内，发现有私下逃走的百姓一律处死。
几日之间杀人盈百，被杀百姓的尸体甚至都没有人掩埋，爆露野外。而杨秀清自己则每日在天王府中与爱妃美妾醉生梦死，全然不知道南京城里怎么样一副人间地狱的情形。
清军每日只是在城外布阵挖沟，一副根本没心思攻打南京的样子。却每日都将写有劝降，或劝百姓逃走的纸条射入城中。言及官兵马上就要破城了，劝老百姓赶快离开。
百姓惶惶不安，每日都有有偷偷越城墙而去，就连士兵也有悄悄溜走的。杨秀清知道了大惊失色，连忙命心腹接管城防，凡有越城而逃着，一律格杀无论。如此一举更让杨秀失却民心，军心更是不稳。杨秀清杀天王洪秀本就没有多少支持者，全靠武力支撑着。如今天国覆灭在即，谁不想给自己留条后路。许多天军将领密秘商议，私下里遣人与清军谈叛。杨秀清，军心民心几乎尽失，却不自知仍自在天王府花天酒地，幻想天下一统的美梦。
南京被围之时，石达开正在广西大山之中与广西清军游击战。由于广西是天军发源地，民众基础很好，地形又险要。清军根本无法捉摸到石达开的足迹，加上又有百姓自愿为天军报信。石达开不但未因此而损失实力，而且借着天军声势将原本只余三万余的部队瞬间扩充至十万余人。
得天扬州，九江被破，南京被围，清军重兵云集南京的消息之后，石达开也开始酝酿着自己的出路了。他知道现在是他最后的机会，借着清军主力全部集中在了南京对付杨秀清，广西周边并无多少清军的兵力，现在是石达开进入四川，借四川以为根本的唯一机会。
若等到南京也被破，清军大军南向，石达开想要冲出广西都难了。于是石达开于咸丰五年九月开始准备着战前事宜。着部下四处收购粮草，可是广西贫困已久，任是他怎么收购，也所有有限。这也是石达开非要冲出广西立足四川的根本原因之一。
九中旬，石达开率部十万，出广西发动了宝庆汇战，岂图先占宝庆，摒除后顾之忧，再以重兵力，轻装北上再入湖北，由湖北入川。可是他没有想到的是，并不是清军没有兵力入广西剿灭他，而是广西大山实在太大，清军根本没有办法抓住他的踪迹，老对头曾国藩其实就等老石自投罗网，在宝庆四边布下重重包围，借势一股作气，歼石达开于城下。
而且，驻守两广的左宗棠也早已得到咸丰的命令，石达开不出广西则左宗棠不入广西，若石达开出广西，则左宗棠速尾随其实，断其退路，务必使石达开进退无路，乖乖就范。左宗棠先自有些奇怪为什么皇上这么肯定石达开会好好的根据地不呆，非要去四川？四川好是好，可惜如今先机已失，若是他自己，左宗棠打死也不会出广西，乖乖呆在广西根清军打游击，慢慢发展势力。
当石达开率部十万浩浩荡荡自桂林出发，沿湘黔边界杀往宝庆的时候，一直守在石达开屁股后面迟迟未动的左宗棠立马挥军入广西，以迅雷不及掩耳之势瞬间攻下石达开在广西的根本重地桂林，以及庆远，并尾随败军之后，将石达开入广西的路全部封死。
而曾国藩则命令湘军全部快速散于宝庆各地，等候石达开的到来。曾国藩千辛万苦一路如吊死鬼一样的追着石达开不放，一方面是为了屡败于石达开之下的仇，他心有不服，一方面是因为咸丰的一道要活的石达开，不要死的石达开，让曾国藩心领神会的知道灭发贼的重点不在南京，而在石达开身上。