在2080年的现在，全球的科技已达到了一个全新的高度，由马博士研发的太阳能“天幕”，使一些需要特殊治疗人群能够仰赖着高科技太阳能“天幕”笼罩着才得已有生存空间；同时由于太阳能替代石油、煤炭等能源，世界各国从此不再为此纷争，而这项技术是由马博士研发而成，因此****们为了谋取巨额的能源利益，准备在展示太阳能“天幕”之时刺杀马博士；因此，保护能源技术发明人人身安全之重任，就落到了防卫军身上。在紧急会议上，大艾总监调出了由奇侠潜入恐怖组织中得到的袭击马博士的恐怖组织人员名单资料，交给了所有人，让他们事先摸清敌人信息。当队员们看着眼前旋转银幕上的刺杀者形象与资料时，都有一个感受，阿敏说出了这个想法：“这些都像是由人类改造成的昆虫型半机械人嘛！看起来很恐怖哦！”这时队长翔问了个问题：“总监，我们该怎么做？”接着，大艾将人员分配名单发布到每个人手中的联络器中后，说道：“我已将任务分配情况发到你们的联络器上，散会后马上去落实。还有，奇侠，你也跟阿敏一起去。”在一边喝水的奇侠也点了点头后说：“OK！没问题。”于是，散会后，各个人员马上前往京都科技中心进行安排与分配工作；当阿敏坐上自己的飞机时，奇侠也上来了，阿敏一看：“你为啥跟我？自己不会骑车去？”奇侠想了想：“好像其他人都需要带着重要人物去科技中心，看来看去就只有你这里比较空闲，所以就上来了；再说，我骑车去也行，就是慢了点，不过你觉得那些警卫会让我进去吗？只能跟你进去嘛！”阿敏叹了口气，驾机出发了。
科技中心内，所有警卫人员和安保人员集中保护着展示大厅，尤其是十点钟之时，马博士站的地方，以及撤退时的安全通道；一边，奇侠正守着阿敏一起查看所有可能出现****的地方和行进路线，这时奇侠插了一句：“别忘了或许会从地下钻出来哦。”这时候，已经在飞机上受够奇侠啰里啰嗦地讲话声的阿敏，终于爆发了，使劲在奇侠耳朵前吼道：“你给我住嘴！别以为你在防卫军里有亲戚我就不敢动你！再吵照样把你灭了！！”几句话结束时，周围的人愣了几秒钟，奇侠直接晕过去，晕前感叹自己还好没娶她做媳妇，之后，发愣的人又开始戒备了；过了几分钟后，奇侠晕晕乎乎得起立，开始去找点事情做做了，不过还是游荡在阿敏附近。防卫军基地中，大艾叫住然然：“然然，你回家去看看小利和小光吧！这次任务，你就别去了吧。”然然愣了一下，回过神来反问大艾：“为什么每次都这样？一有特殊状况，都不让我去做呢？也仅仅就是那次对抗合体怪兽的时候帮过你。大艾，我是你妻子没错，但我也是你的战友，一起旅行的伙伴，别再自己一个人承受了，好吗？”这时，大艾终于下定决心，说：“那好吧，一定要活着。”然然点了点头，去做准备了。三十分钟以后，RS战机降落在了科技中心，大艾和然然下机后也来到了现场，准备随时站在马博士身边保护其安全。
终于，太阳能"天幕"终于在马博士与市长的合力下开启了！就在打开天幕的一分钟后，大地震动了，全体警卫与安保人员紧急行动，在会场中心地底下钻出一个巨大锥形钻凿机器并开始打开时，开始迅速有序的保护马博士和市长离开，同时也在里面的半机械人出来后，开始进攻对方了。在马博士和市长坐着专机紧急离开并前往防卫军后，所有人开始全面进攻；但进攻对半机械人毫无效果，却无人退后。在警卫开始锐减时大艾下令所有人撤出中心，示意跟随一起来的昆金、锡东、阿胜、大河、雷韩、奇侠及阿敏开始对抗半机械人，当看见然然也前去对抗时，大艾也参战了，刚好与前来的九个半机械人数量一致。这时，大艾将灵力石化为圣士之枪将那个飞在空中并企图去进攻然然的那个名叫卡豹的蝙蝠型半机械人一枪爆的什么都没剩下后，昆金他们分别将刺猬型半机械人、螳螂型半机械人和蛇形半机械人用自己特有的光枪一一击爆了，唯有他们的老大——死神一号卡龙，以及卡龙的妻子——死神二号斐娜暂时无恙；当卡龙看见自己的弟弟卡豹死于大艾的手中，右手机械手隐藏的枪对准然然，一枪击出，将然然击中后企图逃走；大艾亲眼看见然然倒下那一幕，直接飞跃而去，在然然倒地前扶住了然然，使劲喊：“然然！然然！！”在呼喊多次无回应时，大艾愤怒了，化为风狄企图抓住转入地下的高速旋转的锥形钻凿机器却失败了，又变回了大艾而绝望的倒地了…………
夜晚，大艾无力的坐在天台上发愣，已经不知道该怎么做了；这时候，阿敏来到天台看着大艾这么失落的样子，也于心不忍，上去了，从身上取出一样东西说道：“总监，助理还有救，只是需要时间。”大艾听过后，稍微有些震惊，不过他想起来了一些事情，说道：“我也知道是什么，这是太阳生命结晶，在整个宇宙中，这种结晶所存在的数目绝对不会超过十颗；只要使用了，最多只需要一天就能起死回生了。虽然你是太阳的女儿，你父亲也仅仅只给了你一颗，这样做不好吧？”阿敏笑了笑：“这没什么，助理平时也经常照顾我的。对了，总监，听说那个卡龙最近有所行动了，正在进行一个透过时空倒转的技术，准备带领一批用未来技术改造的半机械人，其实也就是带斐娜一个人，回到马博士的小时候，想要刺杀马博士......你知道什么是时空倒转的技术啊？”大艾说：“还记得我发明的时空穿梭机吗？跟着原理一样。”说了后，大艾站了起来：“既然卡龙想杀死小时候的马博士后改变历史，那我也要回道过去将其消灭。阿敏，然然拜托了，或许这一走就回不来了，但是一定要让然然活过来。”阿敏答应了下来后，大艾回去准备了。这时马博士也找到大艾总监，一面对然然的死有所愧疚，另一方面对大艾说道：“关于****回到过去的行动，想必总监已经知道了？”大艾点了点头：“是的，我准备也要回到过去，一面找到小时候的马博士你，另一方面，彻底打倒卡龙他们。”这时候，随同一起来的市长对大艾说：“那时候的马博士十五岁，就读于京都小学五年级四班，所以，一定要准确的抵达那个时代，否则后果就难以估计了，或许就回不来了。”大艾想了想后说：“这个自然。马博士，市长，我现在就准备出发了，一切交给我。”之后送走了马博士。
三十分钟之后，大艾来到了时空穿梭机前面，作战室成员，以及与自己一起从宇宙间来的伙伴们站在那里，为自己送行，只有然然不在；这时，阿敏告诉大艾：“总监，助理只要三日就会醒来的，放心吧。”大艾点了点头：“我走之后，基地里就拜托各位了。”这时候，阿胜和奇侠来了，交给大艾一个设备：“总监，这里面是你要的东西，绝对的真货；还有，我把奇侠大叔带来了，你们两人加油啊！”大艾接过来后，就登上了限二人使用的时空穿梭机，启动工作完成后，用传话麦克告知：“时空穿梭机即将启动，请周围的人员马上离开，以免影响行动。”队员们离开后，来到了作战室观察；这时候，时空穿梭机启动了，两侧的巨型时空轮飞速旋转，直至整个机器消失在队员面前。时空隧道中，时空穿梭机飞速前进，向着设定的那个六十年前的时代前进了；这时候奇侠感叹：“老大的东西就是不一般，这么好！”大艾这时候打开阿胜递过来的设备，随后化为了一个十五六岁的女孩子，这是由特殊生化材料制作而成的学习型生化机器人，外形及模样，还有说话方式和行为方式皆与人类极度相似，为得更好的在学校中寻找马博士；这时奇侠问道：“老大，你就这么的把她弄出来，不好吧？我们要怎么执行任务啊？”大艾笑了笑：“放心。前往少年马博士那里，有两条时空隧道，一个比另一个早三年。我们去三年前的，这样就有更多的时间了。还有，以后你就是这个女孩的叔叔，我就做老爸，这样方便一些。”奇侠点了点头同意了。时间来到了少年马博士生活的67年前，地点位于北京的八达岭附近，时间为深夜凌晨两点，突然出现了巨大的时空能量，一艘时空穿梭机出现在地面上，机舱门打开后，大艾、奇侠以及那个叫琪琪的生化女孩一起走了出来，之后，时空穿梭机转化为胶囊出现在大艾的手里，三个人就出发了。
时间来到了三年之后，这时候的大艾与奇侠已经成为了这个时代的刑侦支队的巡查组骨干，一方面为了不引人耳目，另一方面能跟好的寻找少年马博士；而跟他们一起来的琪琪，现在正就读于京都小学五年级，只是这时候依旧没出现与马博士相关的资料信息，不过最近琪琪回来时说了一件事情使大艾、奇侠两人比较重视，她对大艾说：“爸爸，最近我班上的那个霍金华同学又被老师骂了。这三年在学校没少给老师批评，原因总是他经常做恶作剧。”之后回房间做作业去了，这时，大艾决定查查这个霍金华的资料看看。谁知第二天，琪琪的同学霍金华想着报复一下琪琪，决定和另一个同学博士准备拍拍琪琪的老爸出丑的样子，就尾随在琪琪附近，以便拍摄；当两人在偷笑时在执勤结束候准备去接琪琪回家的大艾，遇上了自己的同事正准备执行任务，琪琪正好在那里等着。当琪琪被劫持走时，大艾和奇侠看见后，大艾尾随着歹徒来到天台后，一个歹徒一下子拔出枪想大艾进攻时，结果打了五发都没打中，一抬头，大艾已经来到他面前了，说道：“枪法太菜了。”当再次开枪时，结果没子弹了，大艾明白了：“勃郎宁手枪，五发子弹，弹尽之后，弹夹不脱落枪管不跳镗，若是我，会在开枪之后数数还剩几颗子弹的。”一拳击飞这个歹徒，其余的歹徒一见这情况，纷纷进攻，结果被大艾一拳一个的解决了，顺便暂时弄晕了琪琪；之后，等同事们来的时候，大艾故作刚从地面起来，说自己也不知道怎么了，就一起回去了。这时候，在一边拍摄的霍金华和同学都惊住了，决定以后拜大艾为师，就偷偷离开了。
第二天，大艾在单位解释了后就没什么事了，直接回到了岗位上继续工作着；娥姐看着大艾坐在那里，心里似乎有一些说不清楚的想法。
这时候，同一小组的小马哥从后面经过，说了句：“哟！又在看他啊！不如去问问咯！”把娥姐惊得慌了神：“额…………不要啦！再这么说就把你那时候唱歌的事情跟别人说！”小马哥马上投降了，说道：“行啦！自己的事情自己去说啊！人家都过来了。”说着就走了。
果然，大艾过来了。见娥姐和小马哥在谈论自己，就问了句：“怎么了，两位？”这时候，小马哥说：“没，娥姐说是找你有点事情，我先走了。”不过，小马哥走了后，娥姐又是不知道怎么说，总是有话不好意思说。
大艾明白了，在娥姐终于准备说的时候，及时制止了她：“额，我还有事，先走了啊！”说着，朝着大门口走去！
开汽车接琪琪从学校回来的路上，回来的路上，大艾陷入了沉思之中；来到这个时代寻找死神，决不能允许历史中多了他和奇侠这两个人，也不能让这个时代的人爱上自己，否则历史就会彻底改变；因此，刚刚大艾制止了娥姐说那些话。
就在这时候，从边上出来的两小孩挡住了他，大艾刹车之后一看，暗想：“耶，这不是琪琪说的霍金华吗？难道找我有事？”当他们走进后，大艾故作不知道的说：“你俩这是干吗？劫持警察？？”这时，他们两个一笑，双双半跪之下后叫了一声：“师傅！收下我们吧！”大艾一看，问明原因后问：“你们没有对别人说吧？”霍金华说：“这一秒钟之前，就我们几个人知道。”大艾想：刚好可以借此机会查查是不是少年马博士。于是乎，大艾开始忽悠了：“那好吧，既然你们愿意加入我超人门派，那我就收了你们，不过要准守第一戒律，这是最重要的，不能让人知道我们是超人。”他们会心一笑：“师父，知道了。”大艾又半开玩笑的说：“若被人知道，就点了你们的白痴穴！”他们拼命的点头，这是做后面的琪琪叹了口气：“两白痴，不用点就是了。”这把二人说的不好意思了。三日后，大艾感到了，死神一号卡龙和死神二号斐娜终于来了，心想：看来他们是从第二条隧道来的。对身边的奇侠说：“看来，决战之日到了。”奇侠点了点头：“是啊。”
这天晚上，大艾的行政组长去一栋大楼救人，需要就的是霍金华的母亲，年纪轻轻的就被抛弃了，想不开而跳楼；组长好心相救，结果还是跳了，组长借机跳出去抱住了她，正好大艾在使劲拉着绳子，尽力不让其掉下去，组长向上面喊道：“我说大艾啊！千万别松手啊！”大艾朝边上喊：“奇侠——来帮忙啊——这是七楼啊——”奇侠急忙过来，最后虽然救了下来，大艾和奇侠也被人慢慢扶了下来，一起来的刑侦队员娥姐过来笑着说：“哈哈，你们二人虽然做的不错，不过却成全了我们的马组长，你们真行。”这时候，奇侠才发现并说：“我明白了！只要姓马，就是马博士了。”大艾笑了笑，走了。第二天，大艾与奇侠在游乐场和卡龙与斐娜相遇了，仇人相见，分外眼红；卡龙怒道：“杀我兄弟的就是你！今日让你血债血还！”大艾笑了笑：“那你杀了我老婆，这要怎么算？”双方终于第一次交锋了。卡龙与斐娜真正合体并巨大化了，使周围的群总惊恐不已，时常有人喊道：“快跑啊！怪物来了！”都散开了。刑侦组的人都来了，娥姐也来了，这使大艾不知怎么办才好，不过没办法了，对奇侠说：“带大家走，这里交给我。”奇侠应了下来，招呼大家走了；当大艾示出灵力石准备变身时，还在身后的娥姐叫住了他，接着不可思议的问大艾：“大艾，告诉我，这是怎么回事？你究竟是谁？”大艾回过头看看娥姐，想了想后说：“我是来自未来的战士，别的，等我打到他们就让你知道，先帮我找到霍金华，他，不能死。”就时灵力石发光了，在娥姐面前化为了风狄奥特曼。第一次交锋，风狄暂时震退了死神，不过娥姐被大楼的砖块撞晕了，因此风狄无法去追击死神了，暂时化为了人类，背起娥姐回到大家面前。
当娥姐醒过来后，大艾和奇侠才说出了自己的本来身份以及目的；这情况引起了所有人的重视，因此都加入了搜寻死神与保护霍金华——现在应该是少年马博士的安危任务了。这时已经是深夜了，霍金华来看看自己的师父和现在的父亲的同事了。见到大艾时，霍金华说道：“师父，听琪琪说，你们要走了？”
大艾看着他说：“是啊！只要打倒敌人就行。霍金华，哦不，应该是马金华，从现在起，要好好听父母的话啊。”琪琪说：“我们以后应该会回来的，想我们的话就认真学习就行，以后我们还会见面的。”
马金华重重的点了点头，大艾又说了一件事：“金华，要记住，世界上没有超人，只有科技，知道吗？”马金华包住大艾：“师父，我答应你，一定好好学习！”
就在这时，死神再度出现了，奇侠先行出战，化为了金刚龙奥特曼，抵住了敌人；这时，大艾推开马金华，示出灵力石时，娥姐叫住了他：“大艾，谢谢你，与你相处的三年里，我发现自己已经……”
就在娥姐就要说出来的时候，大艾打断了：“对不起，请别说出来。历史上不能多出我和奇侠这两个人，否者未来就会被改变的。我们可以死，但马博士不能死；娥姐，只要能活到我的那个时代，我们，就还会再见面了。”灵力石发出了光辉，大艾消失在大家面前，一道光弹开了死神之后，风狄奥特曼出现在大家面前，对金刚龙说道：“兄弟，保护好马博士。”
风狄终于面对死神了。风狄指着死神说道：“你，杀了我妻子，这个仇，必须报！”冲上前去，死神也冲上前了。双方相互抵住，大地剧烈震动了，死神挣脱开来后飞向天空躲避，风狄正有此意，也飞向天空追击而去；这时，金刚龙在刚才的战斗中受了重伤而趴在了地上，大楼里的马金华一惊，跑到窗前对着地上的金刚龙喊：“奇侠师父——千万别死啊——”
这时，他收到了来自于金刚龙的心灵感应：“放心，我一定会活着回去，见阿敏的。”金华一愣，明白了，“嘿嘿”的笑了两声。
这时，天空中风狄、死神双方发射出最强绝招对上了，不分上下，发生了巨大的冲击、但风狄使它仅限于空中；这时，但爆炸还未消失时，风狄向医院大楼中、娥姐所在地看去，对她发出最后的声音：“再见了，娥姐，我们，未来见。”娥姐默默地流泪了。
这时，金刚龙也消失了，化为奇侠后靠在了医院大门前，琪琪在边上坐着；就在这时，空中传来了死神死去时不屈地怒吼声，是风狄借助爆炸，使劲的穿过了死神的身体后，杀死了敌人。大艾走了过来后，说道：“我们走吧。”就叫出了时空穿梭机，准备登上去了。
这时，所有大艾和奇侠的朋友们都来了，只是，大艾和奇侠就像不知道似得，启动了穿梭机，消失在了众人面前；娥姐默默地祈祷：“大艾，我们60年以后再见面。”
回到了大艾他们原本的时代后，全体队员都来接他们了，这使时隔三年之后的相遇；不过，大艾没有见到然然和小利、小光，急忙去找，却在人群后面，发现了然然在对他微笑，小利和小光在一边看着跟爸爸一起回来的琪琪，大艾回过神来，说着：“这是小胜那时候给我的设备形成的女孩子，以后就是你们的妹妹了。”三个小朋友自己去玩了，这时，大艾紧紧抱住了然然，生怕再失去她，直到聚餐时才慢慢松开了。
接下来的一阵子，大艾时常去一个养老院看一位老人，时常听她说着自己年轻时的爱情故事，大艾知道说的是自己；在这位老人的名字卡上写的名字是：娥姐…………