时间飞逝，转瞬间几十年过去了，鲧的儿子禹，在这几十年的时间也长大了，而舜处死鲧之后，却是给人族招致大祸。自从斩杀了鲧之后，人族举族上下找不出一个治水能才出来。
最终，舜不得已知晓，只好亲自治水。虽说舜有大才，可却在治理人族之上，而治水之事，舜却是无法做出太好的成绩。虽然为了治水，舜每天忙得连睡觉的时间都没有，可惜水患仍是频频爆发，舜显然是无能为力。
于是，洪荒中的水患越来越厉害，举国皆受洪水之苦，更甚从前。人族收成一年比一年低，生活一年比一年苦，每次辛苦的劳作之后被洪水一冲刷便化作废墟。
看着已经困窘不堪的人族，舜苦恼不已，只能召来众臣商议。待众臣到来之后，舜问道：“众位卿家，如今人族已到生死存亡的时刻，尔等还有何策可治理水患？”
那曾举荐鲧的大臣出班奏道：“共主容禀，鲧之子禹亦精通治水，且臣听闻，禹因父鲧之死，历年来苦苦钻研治水之道，想必如今已是青出于蓝而胜于蓝。共主何不召他来一试，倘若觉得其法可平定水患，便让他主理此次治水事务如何！”
舜听了，心中有些黯然，鲧本也是人族中的一位圣贤，只可惜治水失利导致无数的人族死亡，迫于人族高层的压力，舜不得不处死鲧来消除人族内部的布满。可以说鲧乃是死于自己手中，对此舜却是不希望鲧的儿子走上他父亲的后路，对此舜淡淡说道“鲧治水无功，他儿子又有何能？我看还是算了，众位卿家还有何人选？”
众人听了，皆是沉默不语，舜见此，叹息一声，说道：“既然如此，容后再议吧。”说罢，便起身朝外走去。
众位大臣见舜离去，便也各自散去。
舜回到自己的营帐，便开始静静的思考，想到自己当初迫于人族高层的压力而将鲧杀死，心中一阵后悔，鲧可是人族之中对水患最有办法的人，只可惜那些目光短浅之人随意的干扰自己的决定，这才造成了鲧死去的原因，对此舜也是叹息不已。
随后又想到那位大臣推荐的禹，舜心中一定，若是大禹真有治水之才，自己必定让启用，让他治理水患。
想到这里，舜便命人前去打听大禹的事迹，也好看看他的品行究竟如何。若真的品行高尚，而且可以解决人族水患的问题，就算要了自己的命舜也决不摇头。
舜命人打探禹的事迹，之后不断有人回报，报告的内容让舜很是高兴，一个品行高尚，更是心系人族的贤能，若是能够治水成功，自己定要传位于他。于是下诏，命禹前来见驾！
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数日之后，人族人皇大帐，舜正坐在上方，下边则是站着群臣，此时，一个年轻人备受群臣瞩目。此人正是前来觐见的禹。
只见禹躬身向舜行礼了一礼，大声道“微臣大禹，拜见共主，共主万安！”
舜点点头，示意禹免礼，然后说道“卿且平身！吾闻卿善治水，但不知卿有何策？”
禹闻言微微沉思片刻之后，方道“回共主之言，水往低处流，依臣之见，堵不如疏，治水当以疏通为主！”
舜此时早已仿徨无计，如今听闻禹有办法，大喜过望，也不管是否可行，直接便说道“爱卿之计甚妙，吾欲让卿主理治水大业，卿可愿领？”
禹闻言忙跪倒于地拜道“臣愿受领，誓要平定大水洪流，以慰我父在天之灵！”
禹坚定的声音在大帐内响起，让众人为之颔首，很显然禹坚定地信心也得到了众人的赞同。而就在这时，九天之外一道金光瞬间从天外落下，将大帐上方撕开一个大洞，一柄金黄色的神剑出现在众人的面前。
神剑通体金黄，犹如赤金所铸一般，金黄色的剑体上，剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策。这正是人族第三位圣皇轩辕的佩剑，轩辕神剑。
而在轩辕神剑倒插在禹的身旁之时，所有人都惊呆了，这是轩辕圣皇的宝剑，当年就连轩辕的传人颛顼也没有继承此剑。后来轩辕飞升火云洞之后，此剑更是被轩辕带走。而如今轩辕剑问世，岂不是意味着天上的圣皇也坐不住人族此时的惨状了。
对此，舜急忙从上方的王座上走下来，向着轩辕剑躬身行礼。而其他的大臣就更不用说了，连舜都躬身行礼，他们全部跪倒在地，“参见轩辕圣皇，圣皇万寿无疆。”
而轩辕神剑开始嗡嗡嗡的颤抖起来，很快一道淡金色的投影出现在众人面前。金色的龙袍上绣着九条九爪金龙，无形的压力让众多的大臣不由自主的低下头。
轩辕的虚影出现后，扫了一眼舜跟四周的众多大臣，随后看向禹道“自今日起，本皇的轩辕神剑交由禹来掌管。禹，人族造次大劫虽为天定，但亦有人暗中推波助澜，以汝之修为本不足以击杀暗中之妖孽，但有了轩辕剑便不同了。他会让你有着无上的力量，会助你完成治水的大业，汝可有能力接下此剑。”轩辕威严的声音在大帐内响起。
禹的耳旁威严的声音不断地回想着，似乎在拷打禹的决心，很快禹的额头上出现颗颗汗滴，口中的牙齿也是咬的咯咯作响，“禹定然不复圣皇众望，斩杀妖魔，疏通河流，完成治水大业。”禹的声音从一开始有些轻微的颤抖，到最后的坚定不移，右手牢牢地握住了手中的长剑。
“好，很好。禹，努力的治水吧！帮助人族度过此次困难，由我们几个在天上看着，任谁也翻不起大浪来。”轩辕的虚影逐渐的黯淡，最终消失不见。
而禹看着手中的金黄色神剑，眼中闪过坚定不移的神色。
第二天，禹便得到人皇的认命，开始了治水的大业。只是治水不仅仅需要知识，还需要对地理位置的了解，如此禹便召集天下百姓前来协助。他视察河道，并检讨他的父亲鲧治水失败的原因，决定改革治水方法，变堵截为疏导。后来禹更是亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。
他带领治水的民工，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。禹为了治水，费尽脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息。而禹在接任治水大业之时，便已经结婚了，而且只是跟妻子在一起几天，就离开妻子，踏上治水的道路。
后来，他路过家听到妻子生产，儿子呱呱坠地的声音，都咬着牙没有进家mén。第三次经过的时候，他的儿子启正抱在母亲怀里，他已经懂得叫爸爸，挥动和禹打招呼，禹只是向妻儿挥了挥手，表示自己看到他们了，还是没有停下来。
经过十三年的努力，他们开辟了无数的山，疏通了无数的河，修筑了无数的堤坝，使天下的河川都流向大海，终于治水成功，根治了水患。
随着禹的治水得法，水灾竟然渐渐的平缓了下来。这时，妖族却是耐不住，再次动了起来。
不过妖族的元老此刻都被女娲强行的约束在娲皇宫内不能外出，皆因在这些元老刚刚想要出手之时，便被云扬的大手砸下来，若不是女娲及时的发现，妖族恐怕又要元气大伤一次了。
而妖族的元老被约束在娲皇宫，那么出手的自然是新一代的妖族了，而这新一代妖族的代表便是太古水猿巫支祁。只是众人不知道他还有另一个身份，那就是他也是混世四猴之一的赤尻马猴。
只是赤尻马猴虽然本领不凡，但禹治水有道，变堵为疏，每次赤尻马猴费力发动大水之后，那些大水就直接王者低处流去，不论多大的大水都能迅速退去，无数次下来也把他给累得半死。
眼见人族慢慢的摆脱水灾的侵袭。禹几番施为，终于惹怒了赤尻马猴。于是赤尻马猴心中衡量一番，便决定除掉禹，没了他，人族又将陷入了黑暗的时期。