莎拉帮墨菲斯解决了一个内奸，但却不知也毁掉了尼奥的一次蜕变。
墨菲斯把小胡子打残丢进小巷杂物堆。几人来到电话停一个个消失不见，虚空几道闪电，莎拉出现在小胡子身边，刚才出现通道的数据接口密码莎拉已经知道，他抓着小胡子的脑袋打开了通道，莎拉把自己一部分意识投入到了通道内。
果然莎拉的数据流来到了墨菲斯的飞船内。狭小，潮湿，压抑。这个飞船空间内部构造很敝塞。几人醒来正在讨论如何处理小胡子。有的人要拔掉小胡子的数据线。有人要制造小黑屋把小胡子意识关起来。有人要秉公处理把小胡子交给锡安。还有人认为不能只靠一张照片说明什么。
莎拉只听了一耳朵就钻进入飞船的电脑机箱。关于矩阵外的情报才是莎拉最想知道的，这台飞船主机内有个小城市的数据，估计是用来模拟战斗用的，有各种模拟枪支，各家拳术格斗技。一些生活技能也不少。终于在另一区域内找到了飞船记录仪。荒芜的大陆，潮湿的下水道。永无阳光的星球。就算地下的锡安人们也只穿着麻布衣。虽然锡安科技很高，但生活条件异常艰苦。一块肉，一颗无名的野果。都是丰厚的奖励了。几百年来锡安只是想如何打败矩阵，好像大家打败矩阵日子就能好过了似的。
突然莎拉感觉自己的信号逐渐变弱，原来飞船已经启动，莎拉赶紧退回矩阵里。她现在只是一小块意识程序，现在必须给把复制来的信息带回给主体。
矩阵内的莎拉以小胡子为媒介打开了信息通道，现在通道内的数据返回，莎拉得到了大量关于矩阵外的信息。甚至所谓的锡安也只是个超级地下基地罢了。
丢下小胡子，这个家伙已经没用了，不远处来了几个黑衣人，他们终于查到手机信号最初出现的地方，而且还感知到了漏洞的存在，莎拉见黑衣人前来，转身走进了巷子深处。小胡子抽搐了两下后消失了。这是莎拉打开了信息通道，但却没引导小胡子回到肉身，这让他即在矩阵内消失，又不会让肉身苏醒，这样小胡子就会变成类似植物人的存在，就等墨菲斯那边拔掉插头小胡子就会死去。
莎拉回到公司整理记忆，首先是一些武功招式和卸力技巧，这些是经过电脑模拟运算几百年的最佳发力技巧。利用人体数学精心计算的发力最优方案。然后是各种枪支的虚拟制造过程，尤其后面还有矩阵外锡安研发的电浆枪，电磁炸弹，悬浮飞船等技术。最后有关于锡安的内部结构，人物介绍，例如谁谁谁和墨菲斯联络，电脑视频下面就会注释姓名军职什么的。
这些数据只能算是丰富了莎拉的资料库。对于锡安的背后势力几乎没什么信息，已知锡安被毁灭过四次。背后是那个势力支持锡安的建造？那么还有飞船制造工厂在哪里？锡安有电磁炸弹技术和大量志愿兵为什么不把电磁炸弹小型化对矩阵反击？矩阵和锡安的外面是哪里？